Flikken wordt gekenmerkt door een hoog realiteitsgehalte. Niet de grote misdaad staat centraal, wel de kleine criminaliteit. De verhalen staan niet in het teken van politiegeweld en machtsvertoon; ze draaien vooral om de mensen, agenten, daders en slachtoffers.
Bij de opzet en nadere uitwerking van de serie konden de makers rekenen op enthousiaste medewerking met de politie van Gent. Deze stad met zijn belangrijke historische monumenten speelt een belangrijke rol in de serie.
'Alle verhalen zijn echt gebeurd of zouden echt gebeurd kunnen zijn', legt een woordvoerder van de Gentse stadspolitie uit. 'Toen men ons polste voor een titel stonden de makers even te kijken toen we ‘Flikken’ opperden. Het woord wordt door sommigen beschouwd als scheldwoord maar zo zien wij het niet. Het is ons woord voor politie.'
Meerdere verhaallijnen rond een duidelijke hoofdplot zorgen in elke aflevering voor een mix van dramatische momenten en soms komische intermezzo’s.Britt en Tony zijn in karakter en uiterlijk elkaars tegenpolen; in het politiewerk vullen zij elkaar echter perfect aan.
Aflevering 1: Partners
Na een zoveelste aanvaring met een mannelijke collega krijgt Tony van baas Deprez een nieuwe partner toegewezen: Britt. Meteen worden beide vrouwen uitgestuurd voor een eerste zaak.
Aflevering 2: Lijfwacht
Britt en Tony onderzoeken de klacht van een vrouw die beweert dat ze door haar ex-vriend wordt gestalkt. Maar Tony is met haar gedachten elders: ze heeft twee kaartjes en een man kunnen versieren voor de openingsavond van het Internationale Filmfestival.
Aflevering 3: Lopend Vuur.
Bij een nachtelijke brand in een Turkse pitabar raakt de uitbater zwaargewond. Wanneer er aanwijzingen opduiken van kwaad opzet staat de hele stad in rep en roer. De druk van politiek, media en publieke opinie op het team van Deprez wordt bijzonder groot.
Aflevering 4: Dood Spoor
Op een zondagochtend wordt in de haven van Gent het lijk aangetroffen van een taxichauffeur, zijn keel is doorgesneden, zijn recette geroofd.Britt en Tony overtuigen onderzoeksrechter Francken de zaak aan hen toe te wijzen en niet aan de federale politie.
Aflevering 5: In Dubio
Vanneste en Selattin krijgen een nachtelijke noodoproep: een chauffeur is door een liftster met een mes verwond en beroofd. Beide agenten gaan op zoek naar het meisje.
Aflevering 6: Sloopwerk
De politie wordt opgevorderd om op last van de eigenaar een kraakpand te ontruimen. Niemand van de flikken is erg opgezet met deze opdracht. Vanneste heeft de leiding en ontdekt tot zijn verbijstering dat zijn zus Merel zich ook in het pand verschansd.
Aflevering 7: Ooggetuige
In het Citadelpark wordt 's morgens het lijk aangetroffen van een man. Alles wijst erop dat hij 's nachts is vermoord bij een bezoek aan de homoprostituees in het park. Tony leidt het onderzoek want Britt mag van baas Deprez alleen bureauwerk doen.
Aflevering 8: Slagen en Verwondingen
Wanneer Dany De Volder 's nachts thuiskomt, treft hij er de politie en een ambulance. Zijn moeder is door een inbreker zwaar mishandeld. Maar Britt en Tony ontdekken tegenstrijdigheid in het verhaal van de vader.
Aflevering 9: Pickpocket
Een internationale bende pickpockets is naar Gent afgezakt en de unit gauwdiefstallen vraagt het team bij te springen. De mannen hebben zich terdege op deze opdracht voorbereid en trakteren Britt en Tony op een verrasing.
Aflevering 10: Doodrijder
Voor een bar wordt een oude man met zijn hondje van zijn bromfiets gereden door een onvoorzichtige chauffeur. De auto pleegt vluchtmisdrijf. Raymond en Pasmans ontfermen zich over de arme sukkelaar en het gewonde dier.
Aflevering 11: Schoolplicht.
Een vader komt aangifte doen van de verdwijning van zijn dochter Sofie. Zij is lerares in een probleemschool. Even later wordt haar lijk opgevist uit het Groot Dak. Het lichaam van de jonge vrouw vertoont sporen van recent geweld.
Aflevering 12: Op Voorschrift
In een appartement wordt het lijk aangetroffen van een drugsdode. Het meisje blijkt gestorven aan een fatale combinatie van medicijnen. De voorschriften dragen de naam van een huisarts die Britt en Tony maar al te bekend is.
Aflevering 13: Volle Maan
Het is zaterdagnacht en volle maan. Het commissariaat van Gent-centrum wordt overspoeld met een uitgelezen selectie vreemde schepsels en ongewone oproepen. Vaneste mobiliseert zijn collega's voor de verhuis van zijn zus Merel de volgende morgen.