In het grensstadje Ciudad Juarez worden honderden jonge, onschuldige vrouwen vermoord. Reporter Karina Danes (Minnie Driver, o.a. ‘Good Will Hunting’) onderzoekt deze serie moorden. Ze ontmoet een van de weinige overlevenden van deze gruwelijke wandaden, Mariela. Zij is een vrouw met een hemelse en charismatische uitstraling, die tijdens haar herstelperiode onder andere visioenen van de maagd Maria ziet. Algauw wordt Mariela voor velen een symbool van hoop. Als ze naar het oosten van Los Angeles verhuist, verandert ze zelfs in een Jeanne d’Arc-achtige figuur voor een neochristelijke bende van latino’s. Karina volgt het ongelooflijke verhaal van de transformatie van een jonge vrouw op de voet. Uiteindelijk blijkt haar betrokkenheid zelfs te groot, als de bende uiteenspat in drama en geweld.
The Virgin of Juarez is gebaseerd op de waargebeurde, onopgeloste moorden in de stad Juarez. De film legt een link tussen politiek, religie en fanatisme, en het geweld in Mexico en het oosten van Los Angeles.